Intro to Marimo notebooks

import%20marimo%0A%0A__generated_with%20%3D%20%220.12.6%22%0Aapp%20%3D%20marimo.App(width%3D%22medium%22%2C%20app_title%3D%22Intro%20to%20Marimo%20notebooks%22)%0A%0A%0A%40app.cell(hide_code%3DTrue)%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(r%22%22%22%23%20Introduction%20to%20marimo%20notebooks%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20a%20%3D%202%0A%0A%20%20%20%20mo.md(f%22%22%22%0A%20%20%20%20%23%23%20Improve%20reproducibility%20-%20part%201%20%3A%20DAG%0A%0A%20%20%20%20Value%20from%20one%20cell...%0A%20%20%20%20%60%60%60%0A%20%20%20%20a%20%3D%20%7Ba%7D%0A%20%20%20%20%60%60%60%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%20(a%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20cell_2(a%2C%20mo)%3A%0A%20%20%20%20b%20%3D%20a%20%2B%205%0A%0A%20%20%20%20mo.md(f%22%22%22%0A%20%20%20%20...%20will%20change%20in%20all%20other%20cells...%0A%20%20%20%20%60%60%60%0A%20%20%20%20b%20%3D%20a%20%2B%202%20%3D%20%7Ba%7D%20%2B%202%20%3D%20%7Ba%20%2B%202%7D%0A%20%20%20%20%60%60%60%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%20(b%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(a%2C%20b%2C%20mo)%3A%0A%20%20%20%20c%20%3D%20a%20%2B%20b%0A%0A%20%20%20%20mo.md(f%22%22%22%0A%20%20%20%20...%20ALL%20other%20cells%0A%20%20%20%20%60%60%60%0A%20%20%20%20c%20%3D%20a%20%2B%20b%20%3D%20%7Ba%7D%20%2B%20%7Bb%7D%20%3D%20%7Ba%20%2B%20b%7D%0A%20%20%20%20%60%60%60%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%20(c%2C)%0A%0A%0A%40app.cell(hide_code%3DTrue)%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20r%22%22%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20This%20all%20based%20on%20a%20Directed%20Acyclic%20Graph.%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20Viewable%20in%20the%20side%20panel%20%E2%AC%85%EF%B8%8F%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%22%22%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell(hide_code%3DTrue)%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20r%22%22%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20So%20your%20cells%20will%20always%20be%20executed%20in%20the%20correct%20order%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20no%20matter%20the%20order%20of%20your%20cells.%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20You%20can%20totally%20have%20your%20imports%20%5Bat%20the%20end%5D(%23imports).%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%22%22%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell(hide_code%3DTrue)%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20r%22%22%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%23%23%20Side%20effect%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20Variables%20cannot%20be%20redefined.%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20Try%20renaming%20the%20following%20variable%20from%20%60_a%60%20to%20%60a%60%20and%20run%20the%20cell.%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%22%22%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell(disabled%3DTrue)%0Adef%20_()%3A%0A%20%20%20%20_a%20%3D%20%222%22%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell(hide_code%3DTrue)%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(r%22%22%22%23%23%20Qualite%20of%20life%20improvements%3A%20it's%20just%20python%20!!%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell(hide_code%3DTrue)%0Adef%20_(mo%2C%20show_intro_nb)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(show_intro_nb())%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell(hide_code%3DTrue)%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(r%22%22%22All%20cells%20are%20just%20function%20with%20%60app.cell()%60%20decorator.%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell(hide_code%3DTrue)%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20r%22%22%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20You%20can%20also%20just%20do%3A%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%60%60%60bash%0A%20%20%20%20%20%20%20%20python%20notebooks%2Fmo_intro.py%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%60%60%60%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%22%22%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell(hide_code%3DTrue)%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20from%20nilearn.datasets%20import%20load_mni152_template%0A%20%20%20%20from%20nilearn.plotting%20import%20plot_img%2C%20show%0A%0A%20%20%20%20template%20%3D%20load_mni152_template()%0A%20%20%20%20fig%20%3D%20plot_img(template)%0A%20%20%20%20show()%0A%0A%20%20%20%20mo.md(%22%22%22%0A%20%20%20%20%23%23%20Improve%20reproducibility%20-%20part%202%20%3A%20dependency%20tracking%0A%0A%20%20%20%20This%20cell%20imports%20things%20from%20nilearn%0A%20%20%20%20but%20if%20I%20have%20not%20declared%20in%20my%20dependencies%20(in%20a%20requirements.txt%2C%20pyproject.toml...)%0A%20%20%20%20which%20version%20of%20of%20nilearn%20I%20am%20using%0A%20%20%20%20the%20results%20of%20my%20notebook%20may%20vary.%0A%0A%20%20%20%20So%20let's%20rerun%20the%20notebook%20but%20in%20'sandbox'%20mode%3A%0A%0A%20%20%20%20%60%60%60bash%0A%20%20%20%20marimo%20edit%20--sandbox%20notebooks%2Fmo_intro.py%0A%20%20%20%20%60%60%60%0A%0A%20%20%20%20This%20will%20create%20a%20virtual%20environment%20with%20uv%20and%20installed%20the%20required%20dependencies.%0A%0A%20%20%20%20%60%60%60%0A%20%20%20%20Running%20in%20a%20sandbox%3A%20uv%20run%20--isolated%20--no-project%20--with-requirements%20%2Ftmp%2Ftmpu9dq4o5f.txt%20--refresh%20marimo%20edit%20mo_intro.py%0A%20%20%20%20Installed%2035%20packages%20in%2032ms%0A%20%20%20%20%60%60%60%0A%0A%20%20%20%20You%20will%20then%20be%20prompted%20to%20install%20any%20missing%20dependencies.%0A%0A%20%20%20%20This%20will%20also%20detect%20optional%20dependencies%20required%20for%20some%20import.%0A%20%20%20%20Here%20you%20will%20also%20get%20an%20extra%20prompt%20to%20install%20matplotlib%20as%20it%20is%20required%20for%20nilearn%20plotting.%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%20fig%2C%20load_mni152_template%2C%20plot_img%2C%20show%2C%20template%0A%0A%0A%40app.cell(hide_code%3DTrue)%0Adef%20_(mo%2C%20show_intro_nb)%3A%0A%20%20%20%20mo.vstack(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mo.md(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22%22%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20Notice%20how%20the%20beginning%20of%20the%20notebook%20was%20updated%0A%20%20%20%20%20%20%20%20with%20toml-like%20definition%20of%20the%20dependencies%20of%20the%20notebook.%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%22%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mo.md(show_intro_nb(%22%40app%22))%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%5D%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell(hide_code%3DTrue)%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(r%22%22%22%23%23%20Cells%20can%20be%20tested%20!!!!%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20function_to_test()%3A%0A%20%20%20%20def%20function_to_test(a)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20a%20%2B%201%0A%20%20%20%20return%20(function_to_test%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20test_function(function_to_test)%3A%0A%20%20%20%20assert%20function_to_test(3)%20%3D%3D%204%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell(hide_code%3DTrue)%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20r%22%22%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20Name%20cells%20that%20contain%20a%20%22test_...%22%20and%20run%20pytest%20on%20your%20notebook.%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%60%60%60bash%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%24%20pytest%20notebooks%2Fmo_intro.py%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%20test%20session%20starts%20%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20platform%20linux%20--%20Python%203.12.9%2C%20pytest-8.3.4%2C%20pluggy-1.5.0%20--%20%2Fhome%2Fremi-gau%2Fminiconda3%2Fbin%2Fpython3%0A%20%20%20%20%20%20%20%20cachedir%3A%20.pytest_cache%0A%20%20%20%20%20%20%20%20Using%20--randomly-seed%3D252202663%0A%20%20%20%20%20%20%20%20rootdir%3A%20%2Fhome%2Fremi-gau%2Fgithub%2Fpoia%0A%20%20%20%20%20%20%20%20configfile%3A%20pyproject.toml%0A%20%20%20%20%20%20%20%20plugins%3A%20reporter-0.5.3%2C%20cov-6.0.0%2C%20timeout-2.3.1%2C%20anyio-4.9.0%2C%20xdist-3.6.1%2C%20reporter-html1-0.9.2%2C%20nbmake-1.5.5%2C%20randomly-3.16.0%2C%20csv-3.0.0%0A%20%20%20%20%20%20%20%20collected%201%20item%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20mo_intro.py%3A%3Atest_function%20PASSED%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%201%20passed%20in%200.39s%20%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%60%60%60%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%22%22%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell(hide_code%3DTrue)%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20r%22%22%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%2F%2F%2F%20attention%20%7C%20BUG%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20Testing%20with%20pytest%20directly%20would%20sometimes%20fail%20for%20marimo%20%3E%3D%200.12.1.%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%5BBug%20reported%5D(https%3A%2F%2Fgithub.com%2Fmarimo-team%2Fmarimo%2Fissues%2F4440)%20and%20should%20be%20fixed%20in%20next%20release.%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%2F%2F%2F%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%22%22%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell(hide_code%3DTrue)%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20r%22%22%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%23%20Rich%20display%20of%20dataframes%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20Interactive%20table%20with%20easily%20accessible%20'transform'%20operations.%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%22%22%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_()%3A%0A%20%20%20%20from%20nilearn.glm.tests._testing%20import%20modulated_event_paradigm%0A%0A%20%20%20%20events%20%3D%20modulated_event_paradigm()%0A%20%20%20%20events%0A%20%20%20%20return%20events%2C%20modulated_event_paradigm%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(events%2C%20mo)%3A%0A%20%20%20%20transformed_df%20%3D%20mo.ui.dataframe(events)%0A%20%20%20%20transformed_df%0A%20%20%20%20return%20(transformed_df%2C)%0A%0A%0A%40app.cell(hide_code%3DTrue)%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(r%22%22%22%23%23%20Plotting%20and%20interactive%20UI%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20slider%20%3D%20mo.ui.slider(start%3D0%2C%20stop%3D7%2C%20step%3D1%2C%20label%3D%22Threshold%22%2C%20value%3D2)%0A%20%20%20%20return%20(slider%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(slider)%3A%0A%20%20%20%20slider%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(slider)%3A%0A%20%20%20%20from%20nilearn.datasets%20import%20load_sample_motor_activation_image%0A%20%20%20%20from%20nilearn.plotting%20import%20view_img%0A%0A%20%20%20%20stat_map%20%3D%20load_sample_motor_activation_image()%0A%0A%20%20%20%20view_img(stat_map%2C%20threshold%3Dslider.value)%0A%20%20%20%20return%20load_sample_motor_activation_image%2C%20stat_map%2C%20view_img%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_()%3A%0A%20%20%20%20import%20marimo%20as%20mo%0A%0A%20%20%20%20mo.md(%22%22%22%0A%20%20%20%20%23%23%20Imports%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%20(mo%2C)%0A%0A%0A%40app.cell(hide_code%3DTrue)%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(r%22%22%22%23%23%20Helper%20functions%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell(hide_code%3DTrue)%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20def%20show_intro_nb(break_condition%3A%20str%20%3D%20%22def%20cell_2(%22)%20-%3E%20str%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20try%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20with%20(mo.notebook_location()%20%2F%20%22mo_intro.py%22).open(%22r%22)%20as%20f%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20lines%20%3D%20f.readlines()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20except%20Exception%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20return%20%22%22%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20intro%20%3D%20%5B%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20for%20l%20in%20lines%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20intro.append(l)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20if%20l.startswith(break_condition)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20break%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22%22%22%0A%20%20%20%20%7B%22%60%22%20*%203%7Dpython%0A%20%20%20%20%22%22%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%2B%20%22%20%22.join(intro)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%2B%20f%22%22%22%0A%20%20%20%20%7B%22%60%22%20*%203%7D%22%22%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20return%20(show_intro_nb%2C)%0A%0A%0Aif%20__name__%20%3D%3D%20%22__main__%22%3A%0A%20%20%20%20app.run()%0A